Akuma, un mot qui est bien connu dans le vocabulaire des humain puisqu’il signifie « démon » mais...qui en a vraiment vu ? Qui sait à quoi ils ressemblent ? Et s’ils existent ? Vers la fin du XIXème siècle, plusieurs phénomènes étranges ont lieu, poupée animée comme par enchantement, des humains qui se transforment en machine, d’autres qui sont en possession de certains pouvoirs.
Cette terrible menace exercée par le Comte Millénaire sur la terre dans ce XIXème siècle est la deuxième qu’il met en œuvre. En effet, il y a 7000 ans, le Comte avait déjà pour projet de détruire l’humanité mais il n’y parvient pas, grâce à la création d’un cube, autrement dit l’innocence, qui permet aujourd’hui de produire des armes anti démon. La partie fut gagnée par les religieux en ce temps là, puisqu’il n’était pas bien difficile de battre le Comte seul alors qu’ils étaient eux en revanche en surnombre. Néanmoins, la guerre avait provoqué le déluge, annoncé dans l’ancien testament, le déluge de Noé. Aujourd’hui, le Comte est revenu, plus puissant que jamais et cette fois ci aidé par les descendants de Noé ainsi que les akuma qu’il est en mesure de crée. Pour lutter contre lui de nouveau, une organisation secrète a été crée : La congrégation de l’ombre. Parmi tous les scientifiques, chercheurs et autres partisans, les exorcistes. Ils sont dits « compatible » à l’innocence, et cette innocence crée pour chacun une arme anti akuma.

Ainsi nous pouvons partir sur la base de l’histoire. Allen Walker, jeune orphelin, rejeté par l’apparence étrange de son bras, possédant une innocence, fut recueillit par Mana Walker. A la mort du forain, le garçon rencontra le Comte Millénaire, suite à quoi il découvrit qu’il était exorciste. En voulant ramener l’âme de son père adoptif sur terre, il faillit le transformer en akuma, mais son bras se transforma et détruisit l’akuma juste après que celui-ci ait maudit le petit. Après cela il fut pris sous l’aile du terrible maréchal Cross, soit un membre de la congrégation qui l’envoya après une période d’apprentissage au quartier général. Lorsqu’il entra en contacte avec l’entité de la congrégation, Hevlaska, qui évalue le taux de synchronisation des innocences, celle-ci définit une prophétie, Allen Walker était le destructeur du temps. L’exorciste et ses amis se lancèrent donc dans cette guerre incessante contre les akuma, mais qui aura le maitre mot de l’histoire ? Il y eu des morts dans chacun des clans, et la bataille n’était toujours pas finit, d’autant plus qu’un certain mystère semblerait régnait sur le personnage d’Allen Walker, qui est-t-il en réalité ?

Nous sommes à présent à un stade plus critique de la guerre, Allen walker et ses amis se sont aventuré dans l'arche des noah afin de protéger l'humanité d'un nouveau déluge. Ayant empêché le massacre de plusieurs milliers d'humains, mais subit de nombreux dégâts en raison des combats opposants l'élite des exorcistes aux puissants noah, tous allèrent reprendre des forces à la congrégation. Mais une nouvelle attaque menace la congrégation qui subit de nouveau les conséquences de cette guerre néfaste. Un akuma niveau 4 se présenta à la congrégation. Heureusement, l'ordre en vint à bout. Qui sait ce qu'il y a de plus puissant encore que ces akuma au pouvoir écrasant déjà ? Qui aura le maitre mot de l’histoire ? Il y eu des morts dans chacun des clans, et la bataille n’était toujours pas finit, d’autant plus qu’un certain mystère semblerait régnait sur le personnage d’Allen Walker, qui est-t-il en réalité ?